Syi’ah atau lebih dikenal lengkapnya dari kalimat bersejarah Syi`ah `Ali pada awal mula perkembangannya juga banyak memiliki aliran. Namun demikian hanya tiga aliran yang masih ada sampai sekarang, yaitu Itsna ‘Asyariah (paling banyak diikuti), Ismailiyah dan Zaidiyah. Di dalam keyakinan utama Syi’ah, Ali bin Abu Thalib dan anak-cucunya dianggap lebih berhak untuk memegang tampuk kepemimpinan sebagai khalifah dan imam bagi kaum muslimin. Di antara ketiga mazhab Syi’ah terdapat perbedaan dalam hal siapa saja yang menjadi imam dan pengganti para imam tersebut kini.

 Mazhab JaafariyyahMazhab Ja’fari atau Imam Dua Belas (Itsna ‘Asyariah) adalah mazhab dengan penganut yang terbesar dalam Muslim Syi’ah. Dinisbatkan kepada Imam ke-6, iaitu Ja’far ash-Shadiq bin Muhammad bin Ali bin Husain bin Ali bin Abi Thalib. Keimaman kemudian berlanjut yaitu sampai Muhammad al-Mahdi bin Hasan al-Asykari bin Ali al-Hadi bin Muhammad al-Jawad bin Ali ar-Ridha bin Musa al-Kadzim bin Ja’far ash-Shadiq. Mazhab ini menjadi mazhab rasmi Negara Republik Islam Iran   Mazhab Ismailiyyah Ismailiyah adalah mazhab dengan jumlah penganut kedua terbesar dalam Islam Syi’ah, selepas mazhab Imam Dua Belas (Ithna ‘Asyariah). Sebutan Ismailiyah diperoleh pengikut mazhab ini kerana penerimaan mereka ke atas keimaman Isma’il bin Ja’far sebagai pewaris dari Ja’far ash-Shadiq. Pengikut mazhab Ithna ‘Asyariah, di lain pihak menerima Musa al-Kadzim sebagai Imam mereka. Baik Ismailiyah mahupun Ithna ‘Asyariah sama-sama menerima keenam enam Imam Syi’ah terdahulu, sehingga memiliki banyak persamaan pandangan atas sejarah awal mazhabnya. Ismailiyah (bahasa Arab: الإسماعيليون al-Ismā’īliyyūn; bahasa Urdu: اسماعیلی Ismā’īlī, bahasa Persia: اسماعیلیان Esmā’īliyān) adalah mazhab dengan jumlah penganut kedua terbesar dalam Islam Syi’ah, setelah mazhab Dua Belas Imam (Ithna ‘Asyariah). Sebutan Ismailiyah diperoleh pengikut mazhab ini kerana penerimaan mereka ke atas keimaman Isma’il bin Ja’far sebagai pewaris dari Ja’far ash-Shadiq. Pengikut mazhab Ithna ‘Asyariah, di lain pihak menerima Musa al-Kadzim sebagai Imam mereka. Baik Ismailiyah mahupun Ithna ‘Asyariah sama-sama menerima keenam enam Imam Syi’ah terdahulu, sehingga memiliki banyak persamaan pandangan atas sejarah awal mazhabnya.Teologi Ismailiyah pernah menjadi yang terbesar di antara mazhab-mazhab Islam Syi’ah, dan mencapai puncak kekuasaan politiknya pada masa kekuasaan Bani Fatimiyah pada abad ke-10 sampai dengan ke-12 Masihi.Ajaran Ismailiyah, yang juga dikenal dengan nama mazhab Imam Bertujuh, berkembang menjadi sistem kepercayaannya sekarang setelah Imam Muhammad bin Ismail meninggal; atau “menghilang” sebagaimana kepercayaan pengikut Ismailiyah. Ajaran Ismailiyah memiliki ciri penekanan pada aspek batiniah (esoterik) dari agama Islam. Dibandingkan dengan perkembangan ajaran Imam Dua Belas yang pemikirannya berorientasi kepada aspek lahiriah (eksoterik), iaitu akhbar dan ushul, maka dapat dikatakan ajaran Syi’ah berkembang ke dua arah yang berbeza: ajaran Ismailiyah yang lebih menekankan kemestisan sifat Imam dan kemistikan jalan menuju Allah, dan ajaran Imam Dua Belas yang lebih menekankan pemahaman atas syariah dan sunnah dari Ahlul Bait.Meskipun terdapat beberapa kelompok pecahan dalam Ismailiyah, sekarang istilah ini umumnya digunakan untuk menyebut komuniti Nizari. Mereka adalah pengikut dari Aga Khan, yang merupakan kelompok Ismailiyah dengan jumlah penganut terbesar. Di antara kelompok-kelompok yang ada memang terdapat perbezaan dalam hal kebiasaan ibadah lahiriah, akan tetapi umumnya secara teologi spiritual tetap sesuai dengan kepercayaan imam-imam awal Ismailiyah. Kaum penganut Ismailiyah umumnya dapat ditemui di India, Pakistan, Suriah, Lebanon, Israel, Arab Saudi, Yaman, China, Jordan, Uzbekistan, Tajikistan, Afghanistan, Afrika Timur, dan Afrika Selatan. Pada beberapa tahun terakhir, sebagian diantara mereka juga berimigrasi ke Eropah, Australia, New Zealand, dan Amerika Utara.Mazhab Zaidiyah Mazhab Zaidi atau Mazhab Lima Imam berpendapat bahwa Zaid bin Ali merupakan pengganti yang berhak atas keimaman dari ayahnya Ali Zainal Abidin, saudara tirinya, Muhammad al-Baqir. Dinisbatkan kepada Zaid bin Ali bin Husain bin Ali bin Abi Thalib. Setelah kematian imam ke-4, Ali Zainal Abidin, yang ditunjuk sebagai imam selanjutnya adalah anak sulung beliau yang bernama Muhammad al-Baqir, yang kemudian diteruskan oleh Ja’far ash-Shadiq. Zaid bin Ali menyatakan bahawa imam itu harus melawan penguasa yang zalim dengan pedang. Setelah Zaid bin Ali syahid pada masa Bani Umaiyyah, beliau digantikan anaknya Yahya bin Zaid.Zaidiyah, Zaidiyyah atau Zaidisme (Arab: الزيدية az-zaydiyya, kata sifat dari Zaidi atau Zaydi) adalah salah satu Mazhab Syi’ah, dinamakan menurut Imam Zaid bin Alī. Pengikut fiqh Zaidi dinamakan Zaidis (atau juga dikenali pula dengan Imam Berlima di Eropah). Akan tetapi ada pula satu kumpulan yang dinamai Zaidi Wasītīs yang merupakan pengikut Imam Dua Belas.Imam ZaidiPengikut fiqih Zaidi menerima empat Imam Itsnaˤasy’arī pertama tetapi mereka menerima Zaid bin Ali sebagai Imam kelima daripada saudaranya Muhammad al-Baqir. Setelah Zaid, Zaidis menerima keturunan Hasan atau Husain lainnya sebagai Imam. Imam Zaidiyah lainnya yang cukup dikenal adalah Yahya bin Zaid, Muhammad al Nafs az-Zakiyah, Ibrahim bin Abdullah dll..